La chiesa di San Carlo Borromeo, edificata insieme al convento dei Cappuccini per volere del Marchese Carlo Filiberto d'Este San Martino, apre al culto con solenne consacrazione nel 1618. Un recente controsoffitto in legno nasconde la volta originale. Sul lato sinistro della navata sono ricavate tre cappelle con altari. La chiesa ha al suo interno opere notevoli quali tele dei secoli XVI e XVII, provenienti da altri cenobi dopo le varie soppressioni, e paliotti in scagliola ed altari intarsiati. Notevole è l'altare maggiore con tabernacolo intagliato ed intarsiato del secolo XVIII. La tela in cui San Francesco riceve le stimmate è una esecuzione molto interessante stilisticamente anche per la descrizione del paesaggio. La tela si accomuna alla tavola dell'altare maggiore della parrocchiale. La tela del Presepe è una copia antica, forse tardo seicentesca, dal celebre quadro della "Notte del Correggio" già nella chiesa reggiana di San Prospero ed ora a Dresda. Le tele di San Sebastiano dovevano costituire i laterali di un grande quadro poi smembrato come dimostrano i brani di composizione rimasti sui lati e il paesaggio che continua idealmente in ogni tela. Le opere sono datate 1521 e firmati da Ercole Banci, un pittore della piena rinascenza ferrarese che risente dell'influsso classicista di Francesco Francia.